国及本土切支丹教士，次年驱逐全体葡人出境。宽永元年（1624年）禁止南蛮（西班牙和葡萄牙）船只入境。
宽永十年(1633年)、十一年（1634年)，幕府发布第一、第二两次锁国令，实行“奉书船”制度，规定除持有特许证的船外，严禁扶桑人、扶桑船只离开扶桑。“奉书船”制度即出海船只除朱印状外还必须有老中签发的文书，当时只有特许商人才能得到该种许可文书。同时，严格限制外贸，外船来扶桑受监视，限期交易、到期离境，生丝价格由长崎奉行规定(其他商品按生丝标准定价)，禁止官吏直接购买外货，还严令拘捕南蛮人教士，颁布告发教士者的奖励办法。结果朱印船贸易只为幕府特许商人角仓、茶屋(京都)、末吉(大坂)、三浦按针等七家独占，生丝贸易由界、长崎、京都、江户、大坂的商人专营。
宽水十二年(1635年)发布第三次锁国令，禁止包括特许船在内一切扶桑船只驶往外国，去外国的的扶桑人在回扶桑后不问理由一律处死。
宽水十三年(1636年)发布第四次锁国令，除第一次禁令内容外，又增加了将南蛮在长崎所生子女及收留或救助这些混血儿童的人一律处死的法令，还有加强搜捕外籍教士的规定。这样，随着禁教而加强的贸易封锁逐步严厉。
宽永十四年（1637年），“岛原之乱”（“天草起义”）爆发，起义的农民以教民为核心反抗领主的苛政和暴行，据城防守打退了幕府联军的第一次、第二次、第三次攻击，还当场打死了幕府派遣的讨伐使板仓重昌，后来幕府动用了超过十二万人的诸侯联军，围城近两个月使起义军弹尽粮绝，之后才攻城成功。
此次事件给幕府、诸大名及当时扶桑社会极大震撼，岛原松仓家被没收领地，家主松仓胜家被判决斩首，成为江户时代大名被斩首的唯一一人（刨腹不算被斩首），天草寺泽家被没收领地，家主寺泽坚高因为精神失常自杀，寺泽家从此断绝。至此引发岛原之乱的两家大名都遭到覆灭的厄运。
因为此事，幕府更加深了对外来文化的恐惧，宽永十六年（1639年）幕府发布第五次也是最后一次锁国令：全面禁止外国船只来扶桑，命令各诸侯检查航行船只，提高三倍密告外船走私入境的奖金，并禁绝西洋教会对扶桑教民的一切联系与影响。
宽永十八年（1641年），将兰人一律转移到长崎的人工小岛“出岛”，设立禁书目录限制外文书籍进口，连朱印船贸易也禁止了。除对马岛的高丽扶桑贸易外，幕府只限长崎一港准许中华、兰国船舶通航，因为长崎是幕府天领（直辖地），这样由幕府掌握了对中华和兰国的贸易，另外交易中最重要的商品——生丝交易被持有幕府生丝特许权的豪商集团“丝割符仲间”独占。
从这时起，幕府锁国政策基本完成。
为配合锁国政策，幕府实行了“寺请”或“擅家”制度，每个扶桑人都必须选择一个寺庙作为自己的“擅那寺”，由寺院证明他是某一佛教宗派的信徒。从此，佛教大兴。
从此，长崎作为扶桑当时的惟二的国际贸易港，接待兰国和中华商人，成为了三都之外最繁华的商业城市。
受长州白石正一郎对自己小心翼翼接待的影响，直秀只是粗略地和船主商人谈谈了古事，没有把上面提到的情况说完整，而且还嘱咐商人和两个学生“自己未通明彻悟，只是私下闲谈，请勿传播以免贻笑大方”。
四天之后，船只驶入长崎港，直秀奉上九枚宽永小判与船主告别。
其实除海路到长崎的路线外，直秀考虑过由下关经下关海峡到小仓，再经过佐贺城到长崎，这样可以先去拜访老师伊东玄朴，这样的路途看起来更近一些。但现在不允许用马拉车，牛车大八车只拉货，靠双脚走陆路速度比较慢，小仓小笠原家虽然是谱代大名对幕臣比较友好，但万一碰上那个发疯的武士找自己麻烦，想想还是算了，坐船-->>