役和检使，并且在御领各地的奉行所也设置了寺社奉行。
寺社奉行和勘定奉行、江户町奉行合称三奉行，在老中、若年寄属下的文官中居首， 其中寺社奉行从任过奏者番的谱代大名中选拔。
类似工部的幕府机构是由下三奉行领导的，下三奉行是作事奉行、普请奉行和小普请奉行，下面各有手下，作事奉行负责营造修缮等事务，普请奉行负责城池修筑与河道疏浚，小普请奉行负责将军家庙的宽永寺、增上寺修缮相关事务。
进行重大工程时，幕府通常下令由诸侯助工役，称之为“手伝普请”，这和幕府有事要求的出兵相助及参觐交代构成了诸侯对幕府的三大义务。
幕府是没有所谓的“刑部”的，民间的民事诉讼和刑事诉讼都由各地的奉行所直接审理，一般不接受上诉，重大案件交由评定所审理。
评定所负责幕府所属的旗本、御家人的诉讼，以及不同身份阶层之间的诉讼，例如江户町民、僧侣、武士之间的诉讼，是幕府的高级法务机构。
评定所直属于将军，一般主审官员由一名老中或若年寄，再加上一名寺社奉行、一名勘定奉行公事方、一名江户町奉行组成。
至于大名和各藩之间的争执和纠纷，就需要由幕府的老中评定会决策，再由将军最后拍板。
幕府的中枢机关基本上就这些，谱代大名组成的老中评定会高高在上，而大身旗本担任的各奉行和各番头掌握实际权利，御三家、御三卿和德川亲藩“御一门”负责捞好处和打小报告，监督老中评定会运转的怎么样，听到什么消息就跑到将军和大奥哭诉，“这德川家吃枣药丸啊”。
至于外样大名，幕府役职屁也吃不到，只能老老实实地手伝普请、出兵相助和参觐交代，平时时刻准备着被幕府找茬。但作为属下的福利就是出了事情可以向幕府求助，借粮、借钱和借兵，挨了邻居的欺负也可以到江户哭诉，幕府肯定管，至于结果不好说——伊达全歼友军不是也屁事没有。
也不是没有例外，一些外样大名甚至外样大名的手下也成了幕府高官，但结果都不怎么美妙。
例如元禄二年（1689年），土佐新田藩的藩主山内丰明备受当时将军德川纲吉的信任，被提拔为若年寄，之后纲吉要继续提拔丰明为老中，丰明扛不住幕府内外的压力而坚决推辞，纲吉大怒，土佐新田藩就此废藩。
江户作为将军驻跸之地，江户南北町奉行的权利很大、地位很高，类比宋朝的开封府尹，从大身旗本中挑选，由老中评定会管辖。
至于幕府的地方官，有远国奉行、国代、郡奉行、地方代官等等，除了京都所司代、伏见奉行、大坂城代、大坂定番、大坂加番等是由谱代大名或御一门担任外，其它重要役职都是由旗本担任。
德川幕府早期的时候，一些国代也由谱代大名担任，但后来比例渐渐降低，旗本成了国代的主要人选来源。
幕府早期一直想方设法削减外样大名的领地，结果除了基本盘——关东平原、浓尾平原、近畿平原和东海道一带外，零零碎碎又在扶桑各地搞了不少小块地盘，江户中期幕府的郡代与领代加起来有四十七国一千二百多个。
幕府由旗本担任的各种代官里，就属国代和远国奉行最为尊贵。 旗本担任过远国奉行后，再往上就是勘定奉行和江户町奉行，所以小栗家属于一等一的旗本家族。
德川幕府早期和中期，皇室的小朝廷和外样大名被压的透不过起来，当时幕府内部的明争暗斗仅仅是发生在将军侧近的内朝、以老中为首的外朝之间和各自内部之间，因为扶桑没有宦官，谱代大名和大身旗本经常在内朝和外朝之间来回转换，所以也可以看成是谱代大名和大身旗本组成的各个派系之间的内斗。
德川亲藩“御一门”有时还能捞个好役职，御三家、御三卿就只能干看着，只-->>