米道开始在各地摧毁其它各种鬼神庙宙。
并且把全国划分成了三十六功都，并制作了神印。
五斗米道的快速发展引起了东晋和五胡的注意。
各国开始默契的镇压五斗米道。
眼看形势不利，孙泰准备提前起义。
可惜在起义的前夜发生了意外，孙泰居然被东晋朝廷给杀了。
一时之间五斗米道的三十六功都们谁都不服谁。
群龙无首之下，起义之事只好搁置。
孙泰死后，他的侄子孙恩逃到了海岛上，继续潜伏准备发动起义，建立梦想中的地上天国。
这一等就是十几年。不过机会总算还是来了。
399年，东晋实际统治者、晋简文帝之孙、会稽王太子司马元显下令征发江东八郡“免奴为客者”，以充兵役，结果引起骚动。
孙恩趁此机会便率领百余人登陆，与各地的教徒汇合之后很快发展到数万人，并且攻陷了会稽。
这时，各地应征的奴客和广大破产农民纷纷响应；占有奴客的江东八郡地主因利益受到损害，也乘机“一时俱起”。
江东八郡很快为起义军所占有。东晋政府见起义军声势浩大，急忙派北府兵前往镇压。
为了避免损失，孙恩率领群众二十多万人退回海岛。以后，孙恩先后三次登陆，大败晋军，曾兵逼建康。
在孙恩发动起义之时，五斗米道的各大功都也在各地发动起义进行响应。
起义引起了当时各国的极大恐慌，各国纷纷联合起来镇压五斗米道。
北方地区的起义很快就被五胡联合绞杀了。
在南方东晋的孙恩，则一直在与东晋交战。
402年，孙恩最后一次登陆，在进攻临海时，不幸失利。
走投无路之下，孙恩选择了投水自杀。
孙恩死后五斗米道仍然号称有戴甲十万，实力仍然很强大。
经过一番争斗孙恩的妹夫卢循获得了最高指挥权。
在卢循的率领下，五斗米道的大军继续转战各地。
404年，卢循率领义军由水路占领广州。
402年春，占据长江中游的桓玄兴兵作乱，攻入建康，杀司马道子、司马元显父子和北府兵将领刘牢之等，掌握东晋大权。
次年，桓玄称帝，国号楚。又次年，刘裕讨灭桓玄，东晋政权落到了刘裕手中。
410年，刘裕率军北进，攻击南燕，后方空虚。
卢循乘机从广州出发，分两路北伐，起义军直逼建康。
根据史书记载，当刘裕率军南下镇压时，卢循接连战败，最后被刘与裕的大军包围在了海岛上。
经过长达半年的大战，岛上食物己经消耗殆尽。
卢循下令徒众投降，而他自己则选择了蹈海而死。
卢循死后，以五斗米道为首的道教开始了彻底的改造，后来慢慢发展成了如今的多神教。