利用城南一片官地，靠近工坊便于实践）、建筑规制、初期人员编制、经费预算（主要来自将作监结余、皇帝内帑特批及未来可能的技术转让收入）、以及首期重点研究项目（如继续改进高炉炼钢、探索焦炭大规模生产、研究海船抗风浪结构、绘制更精确的全国及海外分图等）。
奏疏通过于志宁，直呈御前。李治览罢，沉思良久。他敏锐地意识到，这“格物院”之议，是李瑾将其“实学”理念制度化、常态化的关键一步。若成，则“实学”将从个人的、零散的倡导，变为国家支持的、系统性的学术与工程体系，对未来王朝的发展走向影响深远。其中关于吸纳匠人、蕃客为“技博士”，以及变相为“专科取士”开路的设想，虽显大胆，却与他一贯的“务实”、“求才”思路暗合。且李瑾巧妙地将机构设立与《大学》“格物致知”的圣人之道挂钩，使其在理论上难以驳斥。
然而，阻力必然巨大。这无疑将触动国子监、弘文馆等传统教育机构的利益，更会引发清流对“工匠技艺登堂入室”、“淆乱学统”的激烈反对。那些“试点”尚可说是“实务所需”，而这“格物院”的设立，则近乎宣告一种新的学问体系和人才选拔标准将与旧体系并存，甚至挑战。
李治将奏疏压下数日，先私下征询了长孙无忌、褚遂良、于志宁等重臣的意见。长孙无忌依旧持重，认为“立意虽佳，然兹事体大，牵涉学政根本，当缓议。可先允其以‘督行实务使’名义，扩大‘百工创新’规模，增募些通晓技艺之人办事，观其效，再议建院不迟。” 褚遂良则明确反对，认为“学校之设，所以明人伦，非为雕虫之技。若使工匠杂流与士子同列，成何体统？且恐启侥幸之门，坏士习。” 于志宁、阎立本则力主支持，强调“实学乃强国之基，格物院非为取代经学，乃补其不足。且不费国帑，以技养技，何乐不为？”
皇帝权衡再三，决定折中。他没有立即批准建立独立的“格物院”，但采纳了李瑾奏疏中的部分核心构想，并赋予其更高级别的官方色彩。
腊月廿三，小年。皇帝颁布敕书：“朕惟治道在实，学贵致用。今有督行实务使李瑾所请，于京师筹建‘格物院’，专究物理，以资实政，深契朕心。着即于将作监内，辟地增建‘将作监格物所’，由督行实务使李瑾兼领。该所秩同将作监署，可自行聘请通晓天文、地理、算学、营造、军械、百工、海舶之技士为‘咨议’、‘导匠’，不限出身，优给廪饩。原‘百工创新署’并入该所。该所一应研议所得，凡有益国计民生者，可由将作监上奏，酌情推行。所需经费，于将作监岁入及朕特赐内帑中支用，需报备户部、御史台稽核。望其恪守‘格物致用’之本，勿负朕望。”
敕书巧妙地做了变通：不设独立的“格物院”，而是在将作监下设“格物所”，级别为“署”级，由李瑾这个“督行实务使”兼领，保持了与现有官僚体系的衔接，也降低了“另立门户”的敏感性。给予其自主聘请各类技术人才（“咨议”、“导匠”）并“不限出身”的权力，这实际上认可了李瑾“唯才是举”的理念。经费由将作监和内帑支持，也保证了其运作的独立性。最重要的是，它有了正式的名分和架构！
“将作监格物所”的牌子，在腊月廿八，年关之前，挂上了将作监衙门内新划出的一片独立院落门上。没有盛大的仪式，但知情者都明白这块牌子的分量。它意味着，李瑾倡导的“实学”，终于有了一个名正言顺的、官方认可的、可以汇聚人才、开展系统研究的“大本营”。
李瑾站在新挂的牌匾下，仰头望去。“格物”二字，在冬日的阳光下，显得朴拙而有力。他知道，这并非终点，而是一个全新的、更具挑战性的起点。“格物所”的建立，是皇帝对他最大的支持，也是对他最大的考验。他必须在这里，产出足以让所有人信服的成果，将“格物致知、实学经世”的理念，深深地烙印在这个帝国的肌体之中。
他转身，走进挂着“格物所”匾额的大门-->>